W dniu 23 kwietnia 2018 r. zapadł długo oczekiwany wyrok 7 sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego (sygn. akt I FSK 1237/17) w sprawie sposobu korygowania rozliczeń VAT przez jednostki samorządu terytorialnego (JST), w tym gminy.

Orzeczenie to dotyczy przypadku, gdy JST chciałaby odzyskać VAT np. od budowy basenu, który był/jest wykorzystywany przez jej jednostkę organizacyjną będącą odrębnym podatnikem VAT przed obowiązkową centralizację (tj. przed 1 stycznia 2017 r.).

W takim przypadku - mimo, że basen służył działalności opodatkowanej VAT - pierwotnie odliczenie VAT nie przysługiwało, gdy wydatki na budowę ponosiła JST, a basen przekazywany był np. w trwały zarząd do jednostki budżetowej. Inny podatnik ponosił bowiem wydatki i otrzymywał faktury z VAT, a inny wykorzystywał ten obiekt do działalności opodatkowanej. Wszystko zmieniło jednak uznanie, iż podatnikem VAT może być tylko JST, a nie jej poszczególne jednostki organizacyjne.

Sedno powołanego rozstrzygnięcia sprowadza się natomiast do tego, iż w przypadku, gdy JST chce odzyskać podatek VAT za lata poprzedzające obowiązkową centralizację VAT (tj. okresy przed 1 stycznia 2017 r.) w przypadku, jaki opisano powyżej, to nie może korygować rozliczeń VAT wybiórczo, czyli np. tylko okresy rozliczeniowe, w których otrzymano faktury za budowę basenu (por. powyższy przykład). Zgodnie ze stanowiskiem NSA, JST musi natomiast dokonać korekty wszystkich rozliczeń VAT za okres nieobjęty jeszcze przedawnieniem i w odniesieniu do wszystkich jednostek organizacyjnych. W szczególności zatem, oprócz podatku naliczonego, JST musiałaby także wykazać podatek należny od czynności wykonywanych przez jednostki organizacyjne, które poprzednio korzystały ze zwolnienia z VAT z uwagi na nie przekroczenie limitu obrotów (zgodnie z art. 113 ustawy o VAT).